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网络药理学分析药物靶点:从基因到PCR 大家好,我现在遇到了一点小麻烦,希望有经验的朋友能帮我解答一下。老师让我结合网络药理学来分析药物的潜在靶点,具体来说,就是要在PubMed上搜索这些靶点相关的基因。可是,我用genecard搜索的时候,出来的结果都是基因,而不是老师希望的靶点。我是不是理解错了老师的意图?我现在要做PCR,但不知道该怎么做,求大家指导一下! 根据老师的指示,我需要先通过网络药理学分析找出最可能的靶点,然后结合这些靶点分子的文献,挑选出10个基因。接下来就是做PCR了,订引物的时候,网上有很多引物设计网站,大家有没有推荐的? 希望有经验的朋友能帮我解答一下,真的很急!
如果研一的时候,有人告诉我这些就好了 嘿,大家好!今天想跟大家分享一些我在研究生期间发现的宝藏工具,真的是科研路上的好帮手。如果有人在我研一的时候告诉我这些,估计我的科研之路已经成功一半了! 1⃣️ 分子生物学软件:SnapGene 首先推荐的是SnapGene,这个软件真的是分子生物学实验员的必备神器。举个例子,以前设计一对引物需要花二十分钟,还得反复比对,生怕出错。现在有了SnapGene,一分钟就能设计出5对引物,效率提升不是一点点。 2⃣️ 数据分析软件:GraphPad 和 Origin 接下来是数据分析软件。GraphPad Prism8和Origin是我常用的两款。特别是GraphPad,做科研汇报和论文作图简直必备。以前我只会用Office作图,质量差不说,放到PPT上还不清晰,经常要改来改去。现在有了GraphPad,作图效率和质量都大大提升。 3⃣️ 修图排版软件:PS和AI 然后是修图和排版软件。Adobe Photoshop和Illustrator真的是绝配。论文图片的排版、修图微调都可以用这两个软件搞定。我自己写论文的时候,也是借助这两个软件进行排版设计的,方便又高效。 4⃣️ 实验protocol查询网站 最后分享几个靠谱的实验protocol查询网站。Bio-protocol支持中文,很多protocol都是中文的,非常好用。Nature Protocols、Cold Spring Harbor Protocols、JOVE视频教程、Current Protocols和ProtocolExchange都是非常权威的网站,基本上在实验室里导师没时间教你,师兄师姐不一定会的小技巧都能在这些网站上查到。 文献阅读小技巧 最后给大家一些文献阅读的小技巧: 文献查找分类:知网、谷歌学术、SCI-Hub、Web of Science、Pub Med等都是常用的检索工具。 文献泛读:先检索100-200篇相关文献,一般只看abstract部分,然后用有道翻译提炼重点,筛出20-30篇精读。 文献精读:先看abstract掌握主要思路,再看result了解作者观点,最后找出创新点,得到属于自己的ideas。 希望这些小工具和小技巧能帮到大家,让你们的科研之路少走弯路!如果你们有其他好用的软件或者工具,也欢迎在评论区分享哦!
如何设计qPCR引物:实用指南 大家好!今天我们来聊聊如何设计qPCR(定量PCR)的引物。其实,qPCR的引物设计和普通PCR差别不大,都可以用NCBI来方便地设计。不过,由于qPCR鉴定的是mRNA的表达,所以在设计引物时需要特别注意以下几点: 第一步:打开NCBI 首先,打开NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站,搜索你需要的基因(例如Lepr)。 第二步:找到基因卡片 点开基因卡片,找到最下方的mRNA和Protein描述。根据你的需求选择合适的Isoform,然后复制NM码。 第三步:进入引物设计页面 在NCBI的引物设计(Primer design)栏目输入刚才复制的NM码。我个人更喜欢下载cDNA文件,然后用SnapGene手动拉取引物,这样可以直接看到cDNA序列,更加直观。 第四步:确认引物CG值 在SnapGene中确认引物的CG值(大约50%),Tm值在60度左右。可以多设计几对引物,以防有些引子不工作。 希望这些小技巧能帮到大家,祝科研顺利!ꀀ
쐃R与RT-PCR的探秘之旅 쥜觔物技术的广阔天地里,PCR与RT-PCR都是不可或缺的工具。最近,我深入探索了这两种技术,尤其是RT-PCR,它究竟有何魅力呢? ᩦ先,RT-PCR与PCR的融合,使得在单个EP管中就能完成逆转录和聚合酶链式反应,这无疑大大简化了操作步骤。然而,这一步也带来了不小的挑战。每次转录一个RNA分子就需要消耗一个逆转录酶,这无疑增加了实验的成本和复杂性。 在NCBI的网站上,我找到了许多关于RT-PCR的详细资料。虽然我在理解引物设计方面还有一些疑惑,比如如何选择合适的exon-exon进行设计,以及克隆时如何间接设计引物等。但我相信,随着不断的探索和学习,这些难题都将迎刃而解。 ꦀ来说,RT-PCR以其独特的优势在生物技术领域占据了一席之地。虽然它的一些缺点也让实验者头疼不已,但正是这些挑战激发了我们的探索欲望。 PS:在学习之余,也别忘了欣赏一下美丽的风景,比如《铃芽之旅》中的美景,它们也能给我们的心灵带来愉悦和放松哦!
𑠥騮᥅覔导从理论到实践! 引物设计的基本原则 选择目的基因的共有外显子区域进行设计。 引物长度建议在20到25bp之间,GC含量保持在40%到60%,Tm值最好在60℃左右。 设计引物时,尽量跨越外显子,上下游引物可以位于不同的外显子上。 引物的self complementarity和self 3' complementarity相加值应不超过8,单个值不超过5。 扩增产物长度建议在80到300bp之间,最佳为80到150bp。 避免设计含有4个或以上相同碱基(如AAAA、TTTT、GGGG、CCCC)的引物,以及避免明显的二级结构。 设计流程 寸 使用NCBI在线设计工具: 进入NCBI网站,搜索目的基因(如GAPDH)。 查看详细信息,找到共有外显子区域。 选择转录本信息,查看外显子位置。 进入引物设计页面,填写相关信息。 设置引物参数,如PCR产物大小、跨越外显子等。 点击“Get Primers”获取引物序列。 结果解读 在Graphical view of primer pairs部分查看每对引物跨越外显子的情况。 在Detailed primer reports部分查看引物质量和匹配情况。 通过以上步骤,你就可以轻松完成引物设计啦!
内参基因是什么意思 大家好,我想请教一下关于QPCR中内参基因和目的基因的问题。最近我在做实验时发现,内参基因的Ct值一般在29-30之间,而目的基因的Ct值在18-20之间。内参基因的Ct值明显高于目的基因,这让我有点困惑。 我查阅了一些资料,发现内参基因通常用于校正实验误差,确保目的基因表达量的准确性。然而,如果内参基因和目的基因的Ct值差异过大,可能会影响实验结果的可靠性。 有没有哪位大神能告诉我,这种情况是否正常?如果内参基因和目的基因的Ct值差异大,应该怎么处理?是否需要重新设计引物或者调整实验条件? 期待大家的宝贵意见,谢谢!
科研必备网址大揭秘! 想要在科研的海洋中畅游无阻?这些网址你绝对不能错过! 1️⃣ Pubmed 查找文献的神器!浏览次数证明了一切,它的重要性不言而喻。 2️⃣ Scidown 想找文献全文PDF?影响因子查询也靠它!99%的文献全文都能在这里找到。 3️⃣ LetPub 𐊦娯⦜刊详细信息就靠它了!影像因子、分区等一应俱全,而且完全免费哦! 4️⃣ Origene 슨饰!别再自己查文献或设计了,这里的引物靠谱又方便。 5️⃣ Openi 슧到一张图,却不知道来源文献?来这里找相关实验的图和文章吧! 6️⃣ Mouse Cell Atlas 튥细胞图谱数据库,从全局视图到细胞分化、发育和衰老图谱,应有尽有。 这些网址,让你的科研工作更加高效、便捷!快来试试吧!
临床医学生买什么笔记本电脑好 学医之路虽充满挑战,但拥有一台强大的笔记本电脑可以让你事半功倍。悦你的预算在5000元左右,想要一台能够应对课堂学习和实习工作的笔记本,那么惠普星 Book Pro14酷睿版轻薄本是一个不错的选择。 젤𝜤槔,数据统计、生物学分析和引物设计是日常任务。因此,笔记本的CPU性能至关重要。惠普星 Book Pro14最高配备13代英特尔酷睿i7处理器,能够轻松应对多个医学软件的同时运行。 内置的惠小微智能语音助手可以通过实时翻译功能,帮助你快速掌握医学词汇,阅读知网外文网等文献变得轻而易举。 蠥﹤学绘图和医学影像阅读,惠普星 Book Pro14配备了2.8K高清分辨率OLED屏,100%影院级色域,确保再小的细节都能清晰呈现。 𖧙𝨉属外观和轻薄机身设计,非常符合医学生的气质。这款笔记本不仅功能强大,外观也十分吸引人。 颀⚕️ 如果你正在寻找一款能够满足医学专业学习需求的笔记本电脑,不妨考虑惠普星 Book Pro14酷睿版轻薄本。
研0小白的引物设计之路:从零开始摸索实验 被引物设计困扰的一天 加入课题组已经三个月了,但我对实验流程的了解还不够深入。临近开学,我开始感到焦虑。最近,我决定尝试设计一个目的基因的引物,看看是否能得到一些结果。第一步就是订购引物。 实验的初步尝试 上午,我在小破站和百度上看了很多关于如何设计引物的教程,希望能找到最佳的引物设计方法。下午,我尝试使用各种在线工具来筛选和验证引物的特异性。我还向师兄师姐们请教了相关问题。尽管在订购环节遇到了小麻烦,因为周末生工不上班,但我还是学会了如何筛选和设计引物,这让我感到非常有成就感。 引物设计的方法总结 在ncbi.nlm.nih.gov网站上查询基因序列,选择human的基因,找到NM号,点击右侧的“pick primers”,设定产物大小为80-250bp(推荐80-150bp),Tm值设定为60℃,选择跨外显子,提交后会出现10个引物,选择长度在18-24bp之间,GC%在40%-60%之间,self complementarity小于5的引物进行blast验证。 在primerbank中查找已有的引物,然后进行blast验证。 使用primer3plus工具设计引物,需要从ncbi中复制CDS序列,设计出引物后进行blast验证。 젦夸来的实验计划 接下来,我将收集血标本进行mRNA测序,并学习数据分析方法,看看这个基因的选择是否合适。虽然今天被引物设计困扰了一天,但我也学到了很多新知识,这让我对接下来的实验充满了期待。
生物科学专业必备电脑配置清单 大家好!作为即将踏入生物科学领域的小伙伴们,选择一台适合自己的电脑至关重要。今天,我们来聊聊哪些电脑配置更适合我们的专业需求。 日常需求 在学习过程中,我们会用到各种工具来辅助完成任务,例如: Office三件套(Word, Excel, PowerPoint):用于撰写论文、处理实验数据和准备演讲课件。 文献管理软件Endnote:用于收集、管理和引用文献资料。 数据分析软件(如SPSS、Origin、GraphPad Prism):帮助我们进行统计分析和图表制作。 分子生物学软件SnapGene:进行DNA序列编辑和设计。 基因分析软件Primer:用于设计引物和分析基因片段。 化学绘图软件ChemDraw和KingDraw:绘制化学结构式。 医学影像处理软件Mimics:用于三维重建和模型分析。 编程语言(如C语言、Java、Python):对于研究中的数据处理和建模工作非常重要。 ᬤ 置建议 为了保证这些软件能够顺畅运行,我们需要关注以下几个硬件参数: CPU:中央处理器是电脑的大脑,对于运行复杂软件来说至关重要。推荐选择至少具有2.5GHz基础频率,且可以睿频至4.4GHz以上的处理器。核心数至少为六核,如果预算允许,八核或更多会更好。 内存:由于我们常常需要同时打开多个程序,所以至少需要16GB的RAM。这样可以避免电脑因内存不足而卡顿。 存储:建议选择512GB或更大容量的固态硬盘(SSD),最好是支持PCIe或NVMe协议的高速SSD,以保证文件读写速度快,系统运行流畅。 显示屏:考虑到我们需要长时间盯着屏幕,因此建议至少选择15.6英寸大小的显示器,并且分辨率至少达到1080p(Full HD),更高分辨率如2K会更加清晰舒适。 接口:确保你的电脑至少有两个USB 3.0端口,以便于连接外部存储设备或其他硬件。 电源:选择80W或90W的大容量电池,以保证长时间的续航能力。 ⚠️ 注意事项 最后,虽然Mac电脑在设计上很出色,但对于一些特定的生物科学软件可能存在兼容性问题,所以在选择时要慎重考虑。 希望这份指南能帮助大家挑选到最适合自己的电脑!如果你觉得这篇文章对你有所帮助,请给一个小小的点赞作为支持哦!
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