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primer设计引物网站解读_primer设计引物教程(2024年11月精选)

内容来源：我赢网所属栏目：新闻更新日期：2024-11-30

primer设计引物网站

如何设计qPCR引物：实用指南大家好！今天我们来聊聊如何设计qPCR（定量PCR）的引物。其实，qPCR的引物设计和普通PCR差别不大，都可以用NCBI来方便地设计。不过，由于qPCR鉴定的是mRNA的表达，所以在设计引物时需要特别注意以下几点：第一步：打开NCBI 首先，打开NCBI（美国国立生物技术信息中心）网站，搜索你需要的基因（例如Lepr）。第二步：找到基因卡片点开基因卡片，找到最下方的mRNA和Protein描述。根据你的需求选择合适的Isoform，然后复制NM码。第三步：进入引物设计页面在NCBI的引物设计（Primer design）栏目输入刚才复制的NM码。我个人更喜欢下载cDNA文件，然后用SnapGene手动拉取引物，这样可以直接看到cDNA序列，更加直观。第四步：确认引物CG值在SnapGene中确认引物的CG值（大约50%），Tm值在60度左右。可以多设计几对引物，以防有些引子不工作。希望这些小技巧能帮到大家，祝科研顺利！𐟒ꀀ

原位杂交实验：从设计到测序的详细步骤原位杂交实验是一种在分子生物学中广泛使用的技术，用于定位和识别特定DNA或RNA序列。以下是该实验的详细步骤，包括探针设计和合成、目的片段克隆以及后续的PCR检测和测序。探针设计与合成 𐟧스𝿧”蠐remier Primer 5.0 软件，根据实验室已有的 p8 基因 cDNA 全长序列，设计引物 p81 和 p82。以卤虫 cDNA 为模板，通过PCR扩增得到 346bp 的产物。使用 Takara 胶回收试剂盒回收纯化PCR产物。目的片段克隆 𐟧슨🞦Ž娽𝤽“：在无菌离心管中加入连接载体的各种成分，载体与片段的摩尔比控制在 1:3-1:8。加入成分及比例如下：目的 PCR 片段 5  pGM-T 载体（约 50ng/） 1  10㗔4 DNA Ligation Buffer 1  T4 DNA Ligase（3U/） 1  无菌去离子水 3  总体积 10  混合内容物：轻轻弹动离心管以混合内容物，短暂离心。连接反应：将离心管置于 PCR 仪中，16℃过夜连接，反应结束后将离心管置于冰上。涂平板：向铺好的含有氨苄青霉素的固体平板表面加入 16  的 IPTG（50mg/ml）和 40  的 X-gal（20mg/ml），使用无菌的弯头玻璃棒将其均匀涂开，避光置于 37℃培养箱 1-3 小时。转化：将 10  的连接产物加到 100  的 DH5a感受态细胞中，轻弹混匀，冰浴半小时。将离心管置于 42℃水浴 90 秒，取出后立即置于冰浴上放置 2-3 分钟。向离心管加入 500  37℃预热的 LB（不含抗生素）培养基，150rpm 摇床 37℃振荡培养 45 分钟。将菌液于 4000g 下离心 10 分钟，去掉上清，加入 100  培养液重溶并加入到配制好的 LB 固体培养基上，用无菌的弯头玻璃棒轻轻将细胞均匀涂开。待平板表面干燥后，倒置平板，37℃培养 12-16 小时。 PCR检测与测序 𐟧슦Œ‘取白色菌落直接进行 PCR 检测，筛选转化子。将转化子接种于 LB 液体培养基中培养 24 小时，吸取 1mL 菌液送至大连宝生物公司进行序列测序。通过以上步骤，你可以获得所需的 p8 基因片段，并进行后续的实验分析。

生物科学专业必备电脑配置清单𐟓‹ 大家好！作为即将踏入生物科学领域的小伙伴们，选择一台适合自己的电脑至关重要。今天，我们来聊聊哪些电脑配置更适合我们的专业需求。 𐟓Š 日常需求在学习过程中，我们会用到各种工具来辅助完成任务，例如： Office三件套（Word, Excel, PowerPoint）：用于撰写论文、处理实验数据和准备演讲课件。文献管理软件Endnote：用于收集、管理和引用文献资料。数据分析软件（如SPSS、Origin、GraphPad Prism）：帮助我们进行统计分析和图表制作。分子生物学软件SnapGene：进行DNA序列编辑和设计。基因分析软件Primer：用于设计引物和分析基因片段。化学绘图软件ChemDraw和KingDraw：绘制化学结构式。医学影像处理软件Mimics：用于三维重建和模型分析。编程语言（如C语言、Java、Python）：对于研究中的数据处理和建模工作非常重要。 𐟒𛠧ᬤ𛶩…置建议为了保证这些软件能够顺畅运行，我们需要关注以下几个硬件参数： CPU：中央处理器是电脑的大脑，对于运行复杂软件来说至关重要。推荐选择至少具有2.5GHz基础频率，且可以睿频至4.4GHz以上的处理器。核心数至少为六核，如果预算允许，八核或更多会更好。内存：由于我们常常需要同时打开多个程序，所以至少需要16GB的RAM。这样可以避免电脑因内存不足而卡顿。存储：建议选择512GB或更大容量的固态硬盘（SSD），最好是支持PCIe或NVMe协议的高速SSD，以保证文件读写速度快，系统运行流畅。显示屏：考虑到我们需要长时间盯着屏幕，因此建议至少选择15.6英寸大小的显示器，并且分辨率至少达到1080p（Full HD），更高分辨率如2K会更加清晰舒适。接口：确保你的电脑至少有两个USB 3.0端口，以便于连接外部存储设备或其他硬件。电源：选择80W或90W的大容量电池，以保证长时间的续航能力。 ⚠️ 注意事项最后，虽然Mac电脑在设计上很出色，但对于一些特定的生物科学软件可能存在兼容性问题，所以在选择时要慎重考虑。希望这份指南能帮助大家挑选到最适合自己的电脑！如果你觉得这篇文章对你有所帮助，请给一个小小的点赞作为支持哦！

研0小白的引物设计之路：从零开始摸索实验 𐟔 被引物设计困扰的一天加入课题组已经三个月了，但我对实验流程的了解还不够深入。临近开学，我开始感到焦虑。最近，我决定尝试设计一个目的基因的引物，看看是否能得到一些结果。第一步就是订购引物。 𐟓… 实验的初步尝试上午，我在小破站和百度上看了很多关于如何设计引物的教程，希望能找到最佳的引物设计方法。下午，我尝试使用各种在线工具来筛选和验证引物的特异性。我还向师兄师姐们请教了相关问题。尽管在订购环节遇到了小麻烦，因为周末生工不上班，但我还是学会了如何筛选和设计引物，这让我感到非常有成就感。 𐟓 引物设计的方法总结在ncbi.nlm.nih.gov网站上查询基因序列，选择human的基因，找到NM号，点击右侧的“pick primers”，设定产物大小为80-250bp（推荐80-150bp），Tm值设定为60℃，选择跨外显子，提交后会出现10个引物，选择长度在18-24bp之间，GC%在40%-60%之间，self complementarity小于5的引物进行blast验证。在primerbank中查找已有的引物，然后进行blast验证。使用primer3plus工具设计引物，需要从ncbi中复制CDS序列，设计出引物后进行blast验证。 𐟔젦Ž夸‹来的实验计划接下来，我将收集血标本进行mRNA测序，并学习数据分析方法，看看这个基因的选择是否合适。虽然今天被引物设计困扰了一天，但我也学到了很多新知识，这让我对接下来的实验充满了期待。

𐟌𑠥𜕧‰騮𞨮᥅覔𛧕导š从理论到实践！引物设计的基本原则 𐟓œ 选择目的基因的共有外显子区域进行设计。引物长度建议在20到25bp之间，GC含量保持在40%到60%，Tm值最好在60℃左右。设计引物时，尽量跨越外显子，上下游引物可以位于不同的外显子上。引物的self complementarity和self 3' complementarity相加值应不超过8，单个值不超过5。扩增产物长度建议在80到300bp之间，最佳为80到150bp。避免设计含有4个或以上相同碱基（如AAAA、TTTT、GGGG、CCCC）的引物，以及避免明显的二级结构。设计流程 𐟖寸使用NCBI在线设计工具：进入NCBI网站，搜索目的基因（如GAPDH）。查看详细信息，找到共有外显子区域。选择转录本信息，查看外显子位置。进入引物设计页面，填写相关信息。设置引物参数，如PCR产物大小、跨越外显子等。点击“Get Primers”获取引物序列。结果解读 𐟓Š 在Graphical view of primer pairs部分查看每对引物跨越外显子的情况。在Detailed primer reports部分查看引物质量和匹配情况。通过以上步骤，你就可以轻松完成引物设计啦！𐟎‰

分子克隆实战指南：PCR篇 𐟔奈†子克隆的目的是构建目的基因重组体，并在细胞中验证其成功过表达。以下是主要流程： 1️⃣ PCR：获取目的基因TP53基因的CDS区（1182bp），通过PCR并经琼脂糖凝胶电泳验证条带，然后胶回收目的基因。 2️⃣ 酶切：将目的基因与载体用特定限制性核酸内切酶切割，暴露粘性末端，并分别胶回收这两部分。 3️⃣ 连接：用DNA连接酶连接暴露粘性末端的目的基因和载体。 4️⃣ 转化：将连接成功的环状产物转化到大肠杆菌感受态细胞。 5️⃣ 涂板：12-16小时后挑菌做菌落PCR验证。 6️⃣ 摇菌：直接摇菌中提（见之前菌落PCR笔记，可以省去小提步骤）。 7️⃣ 提取质粒并测序。 8️⃣ 转染：将质粒转染细胞24小时后（记得要有对照组，即只转染试剂组）。 9️⃣ 提取细胞总RNA。 𐟔Ÿ 逆转录成cDNA。 1️⃣1️⃣ 设计qPCR引物（Primer bank查询即可）。 1️⃣2️⃣ 实时荧光定量PCR检测目的基因TP53。 ⚠️注意事项： 1️⃣ PCR试剂盒选择：实验室之前使用Takara的Primer star高保真酶，后期发现很多国货非常好用，如ATG巨匠生物的ATG 2*Proofast Master Mix，PCR结果稳定，酶高保真且扩增效率高。 2️⃣ PCR程序设定的两个关键问题：退火温度：与引物性质有关，注意设计引物软件中的Tm值不应算上酶切位点和保护碱基，应只含互补配对部分，这时的退火温度才是准确的。理论上一定范围内，退火温度高时，特异性好。所以很多同学碰到有杂带的情况，可以适当提高退火温度；反之，如果条带不出，可以适当降低退火温度。延伸时间：延伸时间与片段长度有关，还与酶的延伸效率有关，可以参见DNA聚合酶的说明书。 3️⃣ 通过胶回收获得的产物是未暴露粘性末端的双链DNA，所以还需要后续的限制性核酸内切酶进行酶切，将载体和目的基因片段都暴露粘性末端，才能进一步连接。

博士生科研神器大集合𐟛 ️✨ 𐟎“ 博士生们，想要在科研道路上顺风顺水？来看看这些必备神器吧！ 𐟔 论文润色与配色 Grammarly：英语论文的语法和拼写检查利器，让你的论文更加专业。 Whitesmoke：全面的英语写作和语法检查工具，支持拼写、语法、风格和翻译。 Culrs：快速提取论文中的颜色调色板，让你的图表更加美观。 ColorSpace：管理和转换颜色，调整亮度，让你的图像更加鲜明。 𐟧젥ˆ†子生物学研究 SnapGene：DNA序列编辑、克隆和序列装配、蛋白质序列分析一应俱全。 Primer Premier：引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元查找和同源性分析，功能强大。 Image Lab：图像捕捉、处理、定量分析、数据可视化、自动化分析，多功能应用。 ImageJ：开源图像处理和分析软件，科研工作的好帮手。 𐟓Š 科研数据作图 GraphPad：科学数据分析和可视化软件，让你的数据更加直观。 Origin：科学数据分析和可视化工具，支持多种数据分析需求。 Adobe Illustrator：矢量图形编辑软件，让你的图表更加精美。 IBM SPSS：统计分析和数据建模软件，助力科研数据分析。这些工具是博士生们在科研过程中不可或缺的好帮手，赶紧试试吧！

如何用NCBI设计PCR引物：详细指南嘿，朋友们！今天我们来聊聊如何用NCBI官网来设计PCR引物。这个过程其实不复杂，但需要一点耐心。下面我会一步一步带你走完整个流程。方法一：用NCBI官网设计引物 𐟌 第一步：进入NCBI官网打开NCBI官网，找到“GENE”选项，输入你要的目的基因，然后点击“Search”。第二步：选择物种这一步很重要！一定要确认你选择的物种是正确的，不然后续步骤会出问题。第三步：进入详细页面点击目的基因，进入详细页面。第四步：找到mRNA和蛋白编码在详细页面中，找到“mRNA and Protein(s)”部分，点击“NM”（碱基代码），“NP”是蛋白编码，翻译时用。第五步：挑选引物点击“Pick Primers”按钮。第六步：设置引物设计条件这里有几个关键参数需要注意： PCR产品大小：建议在100-300bp之间。跨越外显子交界：引物必须跨越外显子-外显子交界。高级参数： GC含量（%）：40-60% Max Poly-x：3 Max 3'稳定性：5 Max GC在引物3'端：3% 第七步：获取引物点击“Get primers”按钮，通常选择第一对引物。这个过程可能会有点慢，所以你需要耐心等待。方法二：验证引物特异性 𐟔 复制正反引物，分别去BLAST。打开NCBI官网，点击“BLAST”，选择目的基因的种属。粘贴设计的引物碱基序列，选择Database中的“RefSeq RNA”进行BLAST。查看结果，确保“Query Cover”接近100%，“E Value”越小越好。选择扩增出来的基因，核对是否只能扩增出目的基因。方法三：用Primer-BLAST验证 𐟧슦‰“开Primer-BLAST页面。输入正反引物序列。下拉选择基因库和物种。查看结果，核对是否只能扩增出目的基因。小结 𐟓 设计PCR引物的过程其实不复杂，但需要细心和耐心。希望这篇指南能帮到你，祝你实验顺利！如果有任何问题，欢迎留言讨论哦！

𐟧쐃R引物设计全攻略✨ 𐟔 引物，这段单链DNA或RNA，是PCR实验中的关键！好的引物设计，能让你的实验成功率大大提升哦！ 𐟓 引物设计，其实并不难，只要掌握几个基本原则： 1️⃣ 长度：18-30bp之间，常用18-27bp，别太长也别太短哦！ 2️⃣ GC含量：40%-60%，最好高于50%，这样引物在退火时就能更稳定地结合。 3️⃣ Tm值：50-65℃，正反向引物的Tm值要相近，差异不能太大。 4️⃣ 特异性：引物只与目标序列结合，避免非特异性扩增。 𐟚련😦œ‰几点要注意，避免引物之间形成二聚体、发夹结构等，这些都可能影响PCR反应的成功。 𐟒ᠥ𘸧”襼•物设计软件有Primer Premier、Oligo等，设计完成后还可以用BLAST检查引物的特异性。 𐟎‰ 现在，你是不是对PCR引物设计有了更深的了解呢？快去试试吧！

科研必备：7款高效引物设计软件推荐在引物设计领域，有多款优秀的软件可供选择，这些软件各具特色，能够满足不同科研需求。以下是几款备受推崇的引物设计软件，助你轻松搞定引物设计！ Primer Premier 𐟌 特点：Primer Premier是一款功能强大的引物设计软件，由加拿大的 Premier公司开发。它支持自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。其自动搜索功能以Premier为最强且方便易用，同时该软件还具备PCR或测序引物以及杂交探针设计功能。版本：常用的版本包括 Primer Premier5和 Primer Premier6,其中 Primer Premier5.0被许多用户认为是经典且好用的版本。功能：除了引物设计外，Primer Premier还包含序列编辑、酶切分析、DNA基元查找和同源性分析等功能。 Oligo 𐟔슧‰𙧂𙯼šOligo是另一款专业的引物设计软件，其分析评价功能在同类软件中表现突出。它主要用于引物探针的设计、引物探针的验证，以及合成基因和各种探针等。版本：Oligo6和Oligo7是较为常见的版本，用户可以根据需求选择合适的版本。功能：Oligo软件基于最近邻热力学数据，拥有低聚糖的搜索算法，可以精准分析TM和内部稳定性，绘制溶解温度图和稳定性图，并帮助用户找到最佳的引物PCR。 Primer Express 𐟌€ 特点：PrimerExpress是一款专门用于设计引物和探针的软件，尤其擅长荧光PCR探针的设计。功能：它包含自动设计和手动设计两种方式，能够精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值，并预测引物与引物之间、引物与模板之间的二级结构。 Beacon Designer 𐟌 特点：Beacon Designer是 PREMIER生物软件公司研发的qRT-PCR引物设计和探针设计软件，支持多达5组目标基因的多重实时PCR分析设计，功能强大且简单易用。功能：它可以设计分子信标和TaqMan探针等，所设计的探针可用于多元和等位基因鉴定实验。该软件还能自动避免交叉同源性和模板结构，检测与扩增引物间形成的交叉二聚体，防止多元反应之间的竞争。 Primer3 𐟌 特点：免费开源的在线工具，设计普通PCR引物的常用工具之一，支持批量设计引物。Primer3为PCR引物设计提供了第一个免费、可靠和通用的工具，满足了不同应用的需求。功能：Primer3的设计提供了许多选项来控制引物的位置、大小、GC含量、Tm（熔解温度）和产物大小，使得用户可以根据具体实验需求进行精细化的引物设计。 Primer-BLAST 𐟔 特点：Primer-BLAST整合了Primer3的引物设计功能和NCBIBLAST的特异性验证功能，实现了从引物设计到特异性验证的一站式服务。功能：用户只需输入目标模板的序列或Accession号，并设定相应的引物设计参数，Primer-BLAST即可自动设计出符合要求的PCR引物。设计好的引物程序将直接用BLAST进行特异性验证，确保引物在目标数据库中具有唯一性，避免因引物二聚体或非特异性扩增等问题导致的实验失败。 PrimerBank 𐟏抧‰𙧂𙯼š通过选择数据库类型、物种、输入GeneID等步骤即可得到引物，同时支持序列比对和引物检索。功能：一个经过验证的PCR引物公共资源库，包含超过306，800个经验证的引物，涵盖大多数已知的人类和小鼠基因，用户可以通过基因信息、mRNA和蛋白搜索引物。这些软件各有千秋，选择适合自己的工具能大大提高科研效率！

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